Down Under

Waar ik aan gewerkt heb in het kort en versimpeld! In het lab werkte ik aan Caulobacter crescentus, een non-pathogene α-proteobacterium. In het algemeen moeten bacteria zich snel aanpassen aan hun altijd veranderende omgeving en dit doen ze door constant externe condities te ‘meten’ en hun genexpressie te veranderen als reactie op externe signalen. Het betreft meestal genen die coderen voor eiwitten in het buiten membraan van de bacterie. In aanvulling op de veranderde genexpressie kunnen eiwitten in het buitenmembraan ook posttranslationeel gemodificeerd worden om een andere functie of activiteit te krijgen. Deze veranderingen als respons op een extern signaal worden ‘outer membrane remodelling’ genoemd.
Het doel van mijn studie was om een experimenteel systeem te ontwikkelen waar we de eiwitten kunnen identificeren en veranderingen in eiwit levels als gevolg van ‘outer membrane remodeling’ kunnen kwantificeren.
Dit heb ik gedaan door outer membrane eiwit profielen van pH gestressde cellen te analyseren met SDS-PAGE en Massa spectrometry. Een aantal eiwitten zijn geidificeerd en worden verder geanalyseerd. Na veel gedoe is t gelukt om een experimenteel systeem te ontwikkelen zodat in volgende studies SILAC (stable isotope labelling by amino acids in cell culture) gebruikt kan worden om de veranderingen in eiwit levels te kunnen meten en de regulatie van ‘outer membrane remodelling’ beter te begrijpen.

Ik zal verder niet op de details ingaan, heb ik nu niet zoveel zin in en jullie waarschijnlijk ook niet ☺

No worries en de groeten!